云南網(wǎng)訊（通訊員 劉勇）近日，云南農(nóng)業(yè)大學(xué)董揚教授課題組在葡萄屬植物功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫建設(shè)方面取得進展，通過國際知名期刊Molecular Plant在線發(fā)表題為“VitisGDB: The Multifunctional Database for Grapevine Breeding and Genetics”的研究論文。該工作為植物學(xué)家開展葡萄屬植物比較基因組學(xué)分析與葡萄遺傳育種提供了有力的在線分析工具。

葡萄屬植物基因組學(xué)網(wǎng)站截圖。云南農(nóng)大 供圖

葡萄是世界上最古老的果樹樹種之一，葡萄（Vitisvinifera ssp. vinifera）是葡萄屬中栽培最多的水果作物，該屬還含有約60種可育的野生種。在世界溫帶地區(qū)的原生棲息地中，北美約有28種野生葡萄品種，東亞約有30種野生葡萄種類。盡管葡萄栽培在人類歷史中具有重要的文化意涵及經(jīng)濟價值，但大規(guī)模基因組遺傳變異數(shù)據(jù)的缺乏導(dǎo)致無法解析其馴化傳播歷史，也嚴重阻礙了葡萄的性狀改良。

隨著全球越來越多葡萄屬植物基因組的陸續(xù)解析，及相關(guān)重測序、轉(zhuǎn)錄調(diào)控等高通量數(shù)據(jù)的積累，研究者迫切需要一個能夠整合基因組、遺傳變異數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)錄組和表型組等多層次數(shù)據(jù)的比較工具，對葡萄屬的特定生物學(xué)特征或基因家族的基因序列、結(jié)構(gòu)等進行比較分析。為此，云南農(nóng)業(yè)大學(xué)董揚教授、盛軍教授、中科院植物研究所李紹華教授共同合作，構(gòu)建了首個葡萄屬植物基因組學(xué)網(wǎng)站-VitisGDB(//vitisgdb.ynau.edu.cn/)。

vitisgdb的構(gòu)建和功能介紹。云南農(nóng)大 供圖

截至目前，VitisGDB共收錄了葡萄屬7個物種共22個基因組組裝結(jié)果；收錄并處理了包括1641個重測序數(shù)據(jù)以及相應(yīng)的表型信息；預(yù)測鑒定出9395萬個單核苷酸變異位點（SNP）以及9.7萬個基因共線性關(guān)系。通過整合多種可視化組件與基因組在線比較工具，該數(shù)據(jù)庫將不同類型的數(shù)據(jù)有機整合到了一起，為用戶提供了友好的數(shù)據(jù)檢索、下載和在線分析服務(wù)。論文在同行評議中，國際著名葡萄研究工作者給予極其高度的評價，認為該數(shù)據(jù)庫是葡萄遺傳資源領(lǐng)域類目前最全面和易用的數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)的上線，是我國葡萄遺傳資源的首個原創(chuàng)性數(shù)據(jù)庫，為葡萄這種“一帶一路”典型作物的協(xié)同研究提供了重要的工具。